Mientras que el futbol ha tenido una larga y completa historia en Nueva York, no fue sino hasta el 2015 que una franquicia de la MLS llegó a la ciudad. Los equipos orginales incluyeron a New York/New Jersey MetroStars (que después se convirtieron en New York Red Bulls), jugar en un estadio al otro lado del río Hudson en Nueva Jersey significó que no estaban tan integrados en la ciudad de Nueva York.
El área de NY ha sido enmarcada como un lugar ideal para una segunda franquicia y, en 2010, el comisionado de la MLS, Don Garber, anunció que un segundo equipo iba a entrar como la franquicia número 20. Las pláticas iniciales incluyeron el New York Cosmos, el interés del City Football Group significó que el equipo se iba a integrar bajo su mando y el club fue anunciado oficialmente en mayo del 2013, con su primera temporada en 2015.
Las cosas empezaron a crecer rápidamente con el antiguo entrenador de Real Salt Lake, Jason Kreis, quien tomó el mando. Algunos jugadores llegaron como el español David Villa como su primer refuerzo. También se le agregaron otros dos históricos mediocampistas como Andrea Pirlo y Frank Lampard, asignando así sus tres puestos de franquicia. A pesar de la buena forma de Villa, esa primera temporada tuvo muchos retos con el equipo no clasificando a playoffs y perdiendo el clásico con el Cosmos en la US Open Cup.
La siguiente temporada mejoraron muchísimo para que quedaran en segundos de la Conferencia Este. La llegada de Patrick Vieira a la banca mejoró la asistencia en el Yankee Stadium, así como el refuerzo Maxime Chanot y el surgimiento del prospecto Jack Harrison. El 2017 vio partir a Pirlo, Lampard y Andoni Iraola, pero el equipo no perdió ritmo con Villa anotando más goles y Sean Johnson y Maxi Moralez uniéndose en el descanso.
En 2018, Vieira vuelve a su Francia natal para tomar las riendas del OGC Niza, sustituido por Domenec Torrent. Con Villa todavía como una fuerza en el ataque, el equipo terminó tercero esa temporada, pero fue eliminado en semifinales por el eventual campeón Atlanta United. La siguiente campaña sería la primera del club sin Villa, pero surgió un estilo de fútbol más explosivo, con Alexandru Mitriță, Tati Castellanos y Héber duplicando sus cifras mientras el equipo encabezaba la Conferencia Este.
Si bien la temporada 2020 se vio interrumpida por la pandemia de COVID-19, marcó un paso adelante para NYCFC al participar por primera vez en la Liga de Campeones de CONCACAF, alcanzando los cuartos de final y ganando un lugar en la Leagues Cup 2021 gracias a su quinto lugar obtenido.
Yendo cada vez más fuerte, la llegada de Ronny Delia como entrenador la temporada pasada vería al club obtener su primer trofeo importante, ya que ganó la MLS Cup 2021. Impulsado por el joven y emocionante atacante brasileño Talles Magno, así como por el nuevo fichaje Santi Rodríguez, el equipo ingresó a los playoffs como el cuarto sembrado y ganó sus últimos tres partidos fuera de casa, incluida una dramática tanda de penales en la final para vencer a Portland Timbers.
A pesar de que Castellanos se fue este verano, el club ha tenido una buena temporada, habiendo llegado a las semifinales de la Liga de Campeones de CONCACAF mientras luchaba cerca de la cima de la Conferencia Este. Ahora, están ansiosos por ganar su primer título internacional cuando reciban al Atlas FC en la Campeones Cup de este año. Con un equipo basto y experimentado, liderado por el portero, capitán y MLS All-Star Johnson y Moralez, serán una oposición digna para el equipo de la Liga MX en su búsqueda de retener la Campeones Cup para la MLS.
